No duro más de siete meses ejerciendo su dignidad episcopal en la diócesis, pues el 29 de octubre de ese mismo año renunció a la misma.
Según expresa en su carta de renuncia fue el clima incompatible con su salud a la que afectaba la razón principal de su decisión.
El 2 de octubre de 1914 dejó el gobierno eclesiástico de Granada al vicario general Rafael Otón Castro Jiménez, quien pasaría a ser el primer arzobispo de San José, Costa Rica.
[1][2] Caído Estrada Cabrera y optando por la vida seglar, marchó a París.
La Santa Sede lo llamo para confiarle un cargo, él desoyó la oferta y con los años solicitó ser admitido en un convento franciscano en Montevideo.