También se presentó a las oposiciones para el magisterio de la Capilla Real en 1670 (maestro y organista) y 1673 (solo maestro), quedando primero en ambas ocasiones.
La propuesta para el cargo no fue aceptada por el rey que en ambos casos eligió al segundo, respectivamente Antonio Vargas Machuca y Francisco García Montero Solano.
Curiosamente Pérez fue el ganador de las oposiciones, pero esta vez, además de tocar el arpa, se le obligaba a suplir al organista.
El proceso volvió a repetirse en 1775, cuando se publicaron otra vez los edictos, pero esta vez el maestro Pérez había partido de Almería.
[2] En 1675 Pérez fue admitido como segundo organista y arpista en la Catedral de Granada.