[4] Shinji es un joven que fue abandonado cuando era pequeño por su padre, Gendō Ikari, quien le dejó bajo la custodia de un profesor.
Anno también describe a Shinji y Misato Katsuragi como personajes «extremadamente temerosos de ser heridos» e «inadecuados —pues carecen de actitud positiva— para ser lo que la gente llama héroes en esta aventura».
[7] Shinji no es el típico héroe estereotipado, sino que se caracteriza por la falta de energía y emoción que muestra, en lugar de centrarse en el heroísmo o la valentía.
[11] Shinji también es considerado como un álter ego o reflejo del creador de Evangelion.
[22] Shinji, Rei y Asuka atacan al ángel Sahaquiel, arriesgando sus propias vidas en el proceso, y derrotan al ángel principalmente gracias a los esfuerzos de Shinji.
Sin embargo, pronto aparece el ángel Zeruel y decapita a las otras unidades EVA.
[24] Shinji entonces se da cuenta de que solo él puede derrotarlo y regresa a NERV.
Sin embargo, Shinji es absorbido por el EVA y queda atrapado dentro de su núcleo durante un mes.
[25] En los episodios finales, Rei se sacrifica para salvar a Shinji y es revivida a través de uno de sus clones, Asuka enloquece y entra en un estado catatónico, mientras que Shinji entra en una profunda depresión.
Shinji lo persigue y lucha con el EVA-02 al que finalmente destruye, con Kaworu dándose cuenta de que en realidad no era Adán sino Lilith, y se niega a provocar el Tercer Impacto.
[27] En The End of Evangelion se continúa la historia Shinji donde se dejó en el episodio 24, retratando su caída en la depresión y su eventual pérdida de voluntad en querer seguir viviendo.
Hideaki Anno lo describió como un niño que huye del contacto con los demás, sumamente depresivo; es "un joven cobarde".
[35] Shinji ni siquiera está familiarizado con el concepto de héroe, pues no está convencido de su papel como piloto o de su papel como un "luchador", preguntándose constantemente cuál es la razón que le llevó a pilotear el Eva a pesar del sufrimiento que ello conlleva.
Para Shinji, Rei representa tanto un potencial interés amoroso como una figura materna.
[50] En 2014, IGN lo clasificó como el mejor personaje de anime de todos los tiempos, acotando que Shinji es una «genuina obra de arte», y comentando que los héroes «a menudo son quienes queremos ser», y que «él [Shinji] fue quizás el personaje más emocionalmente fiel a la vida en la historia del anime».
[58] Pete Harcoff, aunque aún crítico con el personaje de Shinji, también felicitó a Spencer, afirmando que tuvo una sólida actuación como este.
Durante el evento The Symphony of Evangelion (1997) en el Bunkamura Orchard Hall en Japón, las seiyūs Megumi Hayashibara y Kotono Mitsuishi acordaron en que si Shinji era "Hikoboshi", entonces su "Orihime" sería Kaworu.
Orihime y Hikoboshi son deidades japonesas, antiguos amantes cuyo encuentro platónico se celebra todos los años durante el festival de Tanabata.
En la película Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo, tercera entrega de la tetralogía Rebuild of Evangelion, se explora aún más la relación entre Shinji y Kaworu, y se muestra el aferró emocional de Shinji hacia Kaworu luego de perder todo lo que era importante para él.
[72][73] Tras la muerte de Kaworu, la cual ocurre ante sus propios ojos, Shinji cae en un estado mental lamentable, y al ser encontrado por Asuka no demuestra ningún tipo de voluntad.