Es el comandante de NERV y padre del protagonista Shinji Ikari.Al morir su esposa, abandonó a su hijo cuando este tenía apenas cuatro años y le dejó bajo la custodia de un profesor.Es muy estricto y autoritario hasta el punto de la obsesión, y su objetivo consiste en eliminar definitivamente a los ángeles para evitar un Tercer Impacto que marcaría el fin de la existencia humana.En el manga, Gendo Ikari presenta un comportamiento diferente al del anime.Realiza más apariciones, siguiendo a Kaji, hablando con Asuka, salvando a Shinji de ser asesinado, el enfrentamiento imaginario de Shinji y Gendo, en el cual Gendo parece morir desangrado, etc.
