Posteriormente cofundó el estudio de animación GAINAX en 1984 junto a otros como Hideaki Anno, con quién trabaría una estrecha colaboración en distintos animes.

Una vez en Gainax, pasó a trabajar como diseñador oficial en mangas y animes como Neon Genesis Evangelion, Fushigi no Umi no Nadia, FLCL y Honneamise no Tsubasa entre otros.

Sus técnicas han aportado a GAINAX, mejor importancia y distinción en el mundo artístico del manga.

En Neon Genesis Evangelion ha trabajado tanto en su versión anime, como en su adaptación al manga.

Así pues, ha destacado recientemente como director de animación en la película Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone (2007) y también en la animación del Episodio 27 del anime Tengen Toppa Gurren Lagann.