Durante esta primera fase se desarrollará toda actividad en un antiguo convento de Carmelitas.

Al año siguiente, el cardenal Gomá vuelve a la diócesis, encontrándose con un clero menguado y envejecido.

En 1973, alarmado por la situación del clero diocesano, que encuentra envejecido y escaso, el cardenal Marcelo González Martín publica su Exhortación Pastoral "Un Seminario nuevo y libre", en la que aboga por recuperar el esplendor antiguo del Seminario, si bien admite la necesidad de reformas según el Concilio Vaticano II.

[1]​ Esta situación contrasta con la de otros seminarios europeos, que cierran sus puertas o merman en alumnado.

En 1925 fueron invitadas para atender el servicio doméstico las Religiosas Terciarias Franciscanas de la Divina Pastora, que serían relevadas por las Misioneras Marianas en 1980.