Conocido por sus artículos, primero en la prensa vasca, antes de ser nombrado obispo, y posteriormente por sus colaboraciones semanales en el Diario Palentino, y mensuales en El Norte de Castilla, mantiene una intensa actividad en la prensa escrita.

Además, tuvo un programa semanal en Radio María llamado "Sexto continente" donde explicó durante varios años el Catecismo de la Iglesia Católica,[1]​ desde 2005 al 2012 y donde también ha comentado el Youcat, el catecismo joven de la iglesia católica.

[3]​[4]​ Estudió Bachillerato en el Colegio del Sagrado Corazón de Mundaiz (San Sebastián).

Echó en cara a la izquierda el considerar un derecho "la matanza de los inocentes"[9]​ y advirtió que quien apoyara la ley del aborto sería "cómplice de asesinato" y tendría "responsabilidad moral ante Dios".

[13]​ Sin embargo, la mayoría de los párrocos y otros sacerdotes de la diócesis mostraron su rechazo a la designación de Munilla por considerar que sus postulados reaccionarios no estaban en consonancia con «línea pastoral y estilo eclesial» en «fidelidad al espíritu del Concilio Vaticano II» seguidos hasta entonces por la diócesis[14]​ Desde los primeros pasos de su ministerio, ha mantenido una relación muy habitual con el mundo joven y su problemática.

[17]​ El balance de su episcopado donostiarra genera bastante polémica: alabado por unos y denostado por otros.