[10]​ Aparecieron varios grupos como la Organización Nacional, la Acción Nacional Militar Católica, la Legión Colombiana y la Legión Cóndor, contrarios al gobierno de López Pumarejo y se inspiraban en los principios de la religión católica, el antisemitismo, el nacionalismo, la lucha contra la corrupción política y a favor del resurgimiento militar de la Gran Colombia.

[11]​ En 1942, el embajador estadounidense en Colombia, Arthur Bliss Lane constató que el presidente López no era popular entre los militares y se preparaba para realizar unas reformas a las Fuerzas Militares y para fortalecer a la Policía Nacional.

Además esto permitió a Estados Unidos no preocuparse tanto por la seguridad del Canal de Panamá.

[23]​ En 1944, Alfonso López Pumarejo presenta su primera renuncia a la presidencia, los sindicatos y los comunistas convocaron el 15 de mayo un paro cívico nacional para impedir que el Senado de la República aceptara esta renuncia.

Por su parte, el conservatismo exigía al gobierno presentar las pruebas sobre su supuesta participación en el golpe de Pasto.

Poco tiempo después, Eduardo Santos renunció a la Dirección Liberal y anunció públicamente sus desacuerdos con el presidente.

Así, ofreció su renuncia como una «contribución para provocar el acuerdo político que ha buscado inútilmente mi gobierno», y reiteró su pedido el 19 de julio indicando el mismo propósito, pero anexando esta vez la renuncia de los designados.

En estas circunstancias, el Congreso aceptó la renuncia del ejecutivo, y eligió a Alberto Lleras para que terminara el período.

Hicieron oposición a su segundo mandato los conservadores liderados por Laureano Gómez, la iglesia católica, los latifundistas, los industriales y la derecha liberal.

Y por eso Gómez dispuso que diariamente apareciera en su periódico la pregunta: «¿Quién mató a Mamatoco?».

Según el juez, el móvil fue el temor de que Pérez revelara las irregularidades cometidas por Hernández a sus subalternos.

[29]​ Inicialmente, el juez Enrique Vargas fue asignado al caso, pero después fue reemplazado por un investigador comisionado por el gobierno.

Entonces el gobierno, rescindió el pedido del juez y lo reemplazó en el caso, argumentando que el nuevo testimonio era fabricado.

También informa que, al ser descongeladas, varios de sus familiares han adquirido acciones como podía hacerlo válidamente cualquier colombiano.