Se debe que la mayoría de clubes del Callao se desafiliaron del campeonato y formaron su propia liga independiente.
Entre los periodos 1926 al 1929, la Segunda División Provincial de Fútbol de Lima constaba por Zonas: Zona Lima, Callao, Rímac y Balnearios.
A su vez, los campeones de cada serie, definían el título del torneo.
Luego se fusiona con la Segunda División Provincial de Fútbol del Callao para formar la Tercera División Regional de Lima y Callao hasta el año 1950.
Finalmente, el campeonato se mantuvo vigente hasta el años de 1975, en que desapareció.