Fue fundado en 1922 y llegó a participar durante varias temporadas en la Segunda División de Perú.

Atlético Lusitania fue fundado el 18 de octubre de 1922 en el jirón Coronel Zubiaga 661 en Barrios Altos y su primer presidente fue Jesús Yancari.

En 1941 se formó la Liga Regional de Lima y Callao y Lusitania pasó a formar parte de su máxima categoría.

En 1951 peleó por el título de la Segunda División frente a Association Chorrillos donde perdió por 6-1 en el desempate por el primer lugar.

En los años siguientes participó en la Liga Distrital del Cercado de Lima hasta su desaparición.