En la Segunda División 1967 obtuvo nuevamente el campeonato, por encima del Independiente Sacachispas, ascendiendo a Primera donde se mantuvo hasta el Descentralizado 1969, año en el que quedó último en la primera etapa y en la liguilla del descenso, perdiendo instantáneamente la categoría.

Del 1986 a 1990 KDT Nacional tuvo la primera presidenta mujer en la historia del deporte Peruano, Rosa Ana Berríos Orúe, Pochita Berríos, quien llevó al club a su primer campeonato en más de 22 años al ganar la Liga Distrital en 1987.

En 2014 el KDT Nacional se preparó para afrontar la distrital con un plantel enriquecido entre la experiencia y la juventud.

En 2015 terminó en tercer lugar en la Liga Distrital del Callao y clasificó al Interligas donde fue eliminado en primera fase por Estrella Azul de Ventanilla.

El club logra el subcampeonato de la Distrital del Callao 2016 y clasifica a la Departamental siendo eliminado en la primera fase por Alfredo Tomassini.

De las filas del KDT Nacional, surgieron futbolistas que fueron figuras en Sport Boys y Atlético Chalaco durante la década del 40' como Lorenzo Pacheco, Carlos Valdivia, José Agüero, Armando Agurto, Carlos Torres, Juan Castillo, Reynaldo Luna, entre otros.