Fue fundado en 1925 y jugó una temporada en la Primera División del Perú.

Entre los socios fundadores estuvieron Renzo "Chicho" Carbone, los hermanos Salas, Alberto Gutiérrez, Juan Ramela, entre otros vecinos.

En 1935 se modificó el sistema del campeonato peruano y el Unión Carbone pasó a la Primera B para conseguir un cupo para la Primera División del Perú.

En 1949, el Unión Carbone fue campeón de la Liga Regional de Lima y Callao,[2]​ subiendo a la Segunda División del Perú para los periodos 1950 hasta 1954.

En la Segunda División 1954 pierde la categoría y desciende a la Liga de Lima.