[3]​ Las competencias apenas han variado desde entonces, con la salvedad de que en 2012, debido a la crisis económica y a la necesidad de reducir el gasto público, la Dirección General de Infraestructuras Ferroviarias fue suprimida asumiendo la secretaría general sus funciones.

[4]​ En 2017, la secretaría general amplió su tamaño al crearse en su interior una División de Expropiaciones Ferroviarias y una Subdirección General de Planificación Ferroviaria.

[5]​ Asimismo, desde 2014 se ascribe la secretaría la Agencia Estatal de Seguridad Ferroviaria.

En 2020, se crea un su seno una nueva Dirección General de Planificación y Evaluación de la Red Ferroviaria, que asume todas las competencias y órganos que tenía directamente la Secretaría General relativos a la Red Ferroviaria de Interés General.

[1]​ Se suprimió en diciembre de 2023, pasando sus funciones sobre infraestructuras del transporte a la Secretaría General de Transporte Terrestre.