El nombre Scrotifera deriva del término escroto, debido a que todos los órdenes de este clado presentan escroto como un rasgo ancestral característico.

[1]​ El clado está bien corroborado por los estudios filogenéticos ya que en todos los análisis se confirma claramente que Eulipotyphla es el primer grupo divergente dentro de Laurasiatheria.

A pesar de ello algunos análisis genéticos han dado resultados diversos y contradictorios.

[3]​[4]​ Sin embargo los análisis genéticos recientes y más exhaustivos respaldan la monofilia de esta clasificación.

[5]​[6]​[7]​[8]​[9]​ Un estudio genético reciente utilizando una gran cantidad de elementos ultraconservados[5]​ y otros estudios de todo el genoma, incluyendo las secuencias proteicas obtenidas de los meridiungulados (Toxodon y Macrauchenia) han dado como resultado la siguiente filogenia:[6]​[7]​[8]​[10]​ Eulipotyphla Chiroptera Pholidota Carnivora Cetartiodactyla (Artiodactyla) Perissodactyla Litopterna (Macrauchenia) Notoungulata (Toxodon)