Contrajo matrimonio el 9 de abril de 1904 con Luisa Zavaleta Brenes y tuvieron 6 hijos; Rafael y Balvina León Zavaleta.

[1]​ Santos León fue maestro de escuela en sus primeros años.

El presidente Ricardo Jiménez Oreamuno lo designó como Secretario de Gobernación durante toda su tercera administración (1932-1936).

[1]​ Las elecciones presidenciales del domingo 8 de febrero de 1948, fueron ganadas por el candidato Otilio Ulate Blanco del Partido Unión Nacional, contra Rafael Calderón Guardia, candidato del Partido Republicano Nacional, afín al grupo que estaba en el poder.

Esta coyuntura sirvió para que ambos grupos trataran de volver a la calma y negociaran la transición del poder.