Está situado en lo alto de una pequeña montaña, en la cual está construido el castillo de Santibáñez el Alto, en torno al cual se ha desarrollado la localidad.

La Condesa Teudosinda escogió una regular montaña de difícil acceso, en cuya altiplanicie construyó un convento, que puso bajo la advocación de San Juan Bautista, para que reposaran en él los restos de su esposo el Conde Grimaldo.

En la Reconquista, el lugar era conocido por el nombre de SantiJoannes de Mascoras o Mascules, y es que Madoz en su diccionario hace una referencia alusiva a que "esta Villa se llamó antigüamente San Juan".

Su nombre actual, Santibáñez el Alto, se debe más a su sentido estratégico y de elevada situación, pues la referida Villa se alza sobre la cúspide de una montaña cónica e inaccesible por todos lados.

Creyó entonces el leonés era llegado el momento de recompensar al maestre y frailes del Perero por las tierras de Benito Suárez le había dado pocos años anttes para poblar Castel Rodrigo; por cuya razón, y por la ayuda que le acababan de prestar en aquella jornada, les hizo entrega del fuerte de Santibáñez, con todos sus términos y pertenencias, cuya donación comprendía las villas y términos jurisdiccionales de Gata, Villabuenas, Hernán Pérez el campo, Torre de Don Miguel, Cadalson, Villanueva de la Sierra y cuento pertenecía a las entonces aldeas de Torrecilla, Fresno y Pozuelo, si bien es cierto que esta última más tarde pasó al señorío de Galisteo, vinculado a la casa de Osorno.