El pueblo está a una altitud de 435 m s. n. m., en un afluente que fluye hacia el norte del río Guendá, que continúa fluyendo hacia el río Piraí.

Santa Fe de Amboró tiene un clima tropical semihúmedo y húmedo con bajas fluctuaciones de temperatura diurnas y nocturnas.

Una breve estación seca en julio y agosto con precipitaciones mensuales inferiores a 50 mm se contrasta con un período prolongado de humedad, en el que los valores mensuales están muy por encima de 100 de noviembre a febrero mm salir.

Desde Santa Fe de Amboró un camino de tierra conduce diecinueve kilómetros al este hasta Terebinto y sigue hasta Las Cruces.

Ha estado proyectado desde 2017 pavimentar la carretera desde Terebinto hasta Santa Fe.