Alcober y Martínez realizaron un análisis filogenético en el que encuentran a Sanjuansaurus dentro de los herrerasáuridos.

[3]​ Ornithischia Eoraptor Sauropodomorpha Staurikosaurus Herrerasaurus Sanjuansaurus Eodromaeus Tawa Neotheropoda El cladograma que sigue se basa en la propuesta alternativa realizada por Matthew Baron, David Norman y Paul Barrett en 2017.

Este horizonte se remonta a aproximadamente 231,4 millones de años, durante la Etapa Carniana tardía del Triásico Tardío.

[6]​ Los estudios sugieren que el paleoambiente de la Formación Ischigualasto era una llanura aluvial volcánicamente activa cubierta por bosques y sujeta a fuertes lluvias estacionales.

[8]​ La vegetación estaba formada por helechos, Cladophlebis, colas de caballo y coníferas gigantes, Protojuniperoxylon.

[9]​ Sanjuansaurus vivió en las selvas del Triásico Tardío de América del Sur junto a los primeros dinosaurios, Eoraptor, Herrerasaurus, Chromogisaurus y Panphagia, así como Saurosuchus,[10]​ un rauisuquio gigante que vive en la tierra, un devorador de carne cuadrúpedo con un cráneo parecido a un terópodo, el muy similar pero más pequeño Venaticosuchus, un ornitosúquido y los depredadores chiniquodóntidos.

Los herbívoros eran mucho más abundantes que los carnívoros y estaban representados por rincosáuridos como Hyperodapedon, un reptil picudo, aetosaurios, reptiles acorazados espinosos, kannemeyeriidos dicinodontos, animales cuadrúpedos rechonchos, con pico pesado en el frente, como Ischigualastia y terápsidos traversodóntidos, algo similar en forma general a los dicinodontos, pero sin picos, como Exaeretodon.