Los pedicelos del ilion son cortos, lo que da como resultado un acetábulo bajo axialmente largo.

Los metacarpianos de la mano son aparentemente alargados y miden unos quince milímetros.

El tipo y única especie válida que se conoce hoy en día es Pisanosaurus mertii.

El nombre de la especie honra al difunto naturalista araucano Carlos Merti.

[7]​[13]​ Pisanosaurus podría considerarse dentro de Heterodontosauridae o como el ornitisquio más primitivo conocido.

En 2008 un estudio ubica a Pisanosaurus por fuera, y por lo tanto más basal, que Heterodontosauridae.

Por el contrario, un análisis filogenético realizado por Agnolin en 2015 recuperó Pisanosaurus como un posible miembro no dinosaurio de Dinosauriformes relacionado con los silesáuridos.

Por lo tanto deben considerarse como ornitisquios basales llenando el vacío de fósiles del Triásico.

Esto explicaría la anatomía en mosaico de Pisanosaurus mertii, que combina rasgos presentes en los silesáuridos tradicionales, por ejemplo, posible dentición anquilotecodonte, fosa poplítea alargada del fémur y ornitisquios por ejemplo, proceso coronoide dorsalmente expandido del dentario.

Pisanosaurus Fabrosaurus Lesothosaurus Thyreophora Neornithischia Cladograma siguiendo el trabajo de Müller y Silva Garcia de 2020 con, Pisanosaurus queda ubicado como unión entre los "silesáuridos tradicionales" y los ornitisquios tradicionales..[1]​

Originalmente fechada en el Triásico Medio,[14]​ se cree que esta formación pertenece ahora a la etapa Carniense del Triásico Tardío, depositada hace aproximadamente 228 a 216,5 millones de años.

La Formación Ischigualasto fue una llanura aluvial volcánicamente activa cubierta por bosques, con un clima cálido y húmedo,[19]​ aunque sujeto a variaciones estacionales que incluyen fuertes lluvias.

Los herbívoros estaban representados por rincosaurios como Hyperodapedon, un reptil picudo, aetosaurios, reptiles acorazados espinosos, kannemeyeriidos dicinodontos, animales cuadrúpedos robustos , con pico pesado en el frente, tales como Ischigualastia y traversodóntidos, algo similar en forma general a los dicinodontos, pero sin picos, como Exaeretodon.