Ahora bien, que exista legislación específica para los municipios no significa que a estos no les sean aplicables las normas contenidas en otros cuerpos normativos, pues aunque se trata de entidades autónomas, las mismas se encuentran sujetas, al igual que todas las entidades de tal naturaleza, a la legislación nacional.

[2]​ El concejo municipal se integra de conformidad con lo que establece la Constitución en su artículo 254, es decir «se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos».

[1]​ Al respecto, el código municipal en el artículo 9 establece «que se integra por el alcalde, los síndicos y los concejales, todos electos directa y popularmente en cada municipio de conformidad con la ley de la materia».

Hasta entonces había formado parte del municipio de Mataquescuintla, y compartía terreno con el también nuevo municipio de San Carlos Alzatate; sin embargo debido a su gran extensión territorial los dos lugares se dividieron en dos municipios independientes de acuerdo a la demografía sus habitantes: los indígenas se quedaron en San Carlos Alzatate mientras los ladinos ocuparon el terreno del municipio de San Rafael, y se establecieron en el departamento de Santa Rosa.

Los principales cultivos incluyen cereales, pero se cosecha también frutas y verduras.