Igualmente, la titularidad de cada instalación componente del complejo corresponde a distintos agentes implicados en el transporte público vizcaíno.

Termibus fue inicialmente concebida con carácter temporal en una zona desaprovechada, no necesariamente permanente, pero de fácil acceso a la autopista A-8.

Si bien el mobiliario implementado dicho año en Termibus fue encargado bajo condición de que fuera fácilmente desmontable[2]​ de cara a un futuro traslado, dicha característica no fue finalmente aprovechada al decidirse definitivamente, en 2012, la futura sustitución de la estación en superficie por otra completamente soterrada, en el mismo emplazamiento.

Por su parte, el servicio municipal de autobuses Bilbobus también cuenta con distintas paradas aledañas.

Desde su entrada en funcionamiento en 2004, el único cambio sustancial acometido en la estructura del intercambiador ha sido la adaptación del enlace entre el vestíbulo y la estación central de autobuses, dada las muy distintas naturalezas de la estación original (Termibus, en superficie) y la actual (Bilbao Intermodal, bajo tierra).

En la actualidad, la estancia con las dos escaleras ha desaparecido, y el pasillo central da acceso directo a Bilbao Intermodal, cuya planta -1 (donde se encuentran las taquillas, las canceladoras, el bar, las consignas y una zona comercial) se encuentra al mismo nivel del vestíbulo.

Operada por Metro Bilbao, da servicio a las líneas L1 y L2 del sistema en su tronco común (hasta la estación de San Ignazio), con trenes con frecuencias entre 4 y 5 minutos en cada sentido, en horas punta.

La presencia del metro es vital para el conjunto del complejo intercambiador, siendo, paralelamente con la estación de autobuses Bilbao Intermodal, la principal instalación del intercambiador en cuanto a número de usuarios, y la principal forma de acceso al mismo.

Santimami/San Mamés recibió 6 034 855 pasajeros en el año 2017,[6]​ siendo la quinta estación más utilizada de su operador, Metro Bilbao, solo tras las céntricas estaciones de Indautxu, Abando, Moyua y Zazpikaleak/Casco Viejo (en orden ascendente), dos de las cuales sirven también a intercambiadores (Abando y Casco Viejo).

Para posibilitar lo anterior, el ramal, construido en su día excavando a su paso una trinchera que dividía el terreno, fue soterrado para paliar el desnivel y unificar los alrededores.

En la reformada infraestructura subterránea, en buena medida a lo largo de la nueva «Avenida del Ferrocarril», se implementaron las nuevas estaciones de San Mamés, Autonomía, Amézola (intermodal con Renfe Cercanías AM) y Zabalburu.

Según la propia Renfe, estas dos estaciones son un trasbordo, aunque hay que salir de la intermodal y llegar hasta la estación de Basurto a pie.

Las tres líneas transcurren después en la misma dirección y confluyen de nuevo en la estación intermodal de Amézola, donde las tres se encuentran en la misma intermodal y hacen el intercambio más fluido.

Además, el servicio municipal de autobuses urbanos, Bilbobus, cuenta con numerosas paradas en las inmediaciones del complejo, siendo las más próximas las ubicadas en las calles de Luis Briñas (frente al número 27) y de Pérez Galdós, en las que dan servicio, respectivamente, las líneas 28 y 38 del servicio.