La estación se encuentra en el punto kilométrico 3,2 de la línea férrea de ancho ibérico que une Bilbao con Santurce, a 12 metros de altitud.

[2]​ Las obras corrieron a cargo de la Compañía del Ferrocarril de Bilbao a Portugalete.

Cuando en la década de los 90 se construyó la Variante Sur Ferroviaria, impulsada por la institución Bilbao Ría 2000, se modificó el tramo entre Olabeaga y Bilbao-La Naja, que formaba parte de las líneas Bilbao - Santurtzi y Bilbao - Muskiz.

Después de llevar a cabo la operación, en 1999 abrieron las nuevas estaciones de San Mamés, Autonomía, Amézola y Zabalburu, la estación de Olabeaga fue modificada y la estación Bilbao-Abando pasó a ser la cabecera de las líneas anteriores.

Entre semanas la frecuencia media es de un tren cada diez-quince minutos.