En 1941, con la nacionalización del ferrocarril en España, el recinto pasó a depender de RENFE.

El espacio que ocupaba la antigua estación de Renfe en Santurce se utilizó como aparcamiento provisional en superficie que posteriormente desapareció para dar lugar a una ampliación del Parque Central creando un aparcamiento subterráneo.

Adentrándose en el puerto y tras pasar un paso a nivel se encuentra la estación de Bilbao-Mercancías, inaugurada en el año 2002, únicamente utilizada para los trenes de mercancías (no pertenece a la línea de cercanías pero está conectada con ella), si bien anteriormente también existía el paso a nivel pero para un uso menor.

Motivo por el cual no se puede suprimir dicho paso a nivel a pesar de los planes de ampliación del parque, llamado Parque Central, eliminando esas vías.

Además, dichos vecinos rechazan una posible duplicación de vía para posibilitar dicho tráfico debido al agravio comparativo que supondría respecto a Santurce que se le quitarían el paso de mercancías.

[9]​ Mientras que en Santurce si hay capacidad para dicho tráfico sin nuevas inversiones.