El nombre del distrito proviene en honor a San Juan el Bautista, patrono del distrito de San Juan y de la Iglesia de San Juan Bautista, localizada en el centro del distrito.
En 1835, la Asamblea Legislativa de Costa Rica emitió una ley que declaró al Murciélago como capital de Costa Rica, pero mientras se construían allí los edificios necesarios, la vecina ciudad de Heredia fue designada como capital temporal.
Esa ley fue derogada en 1838, antes de que se hubiesen iniciado las construcciones.
[7] Ubicadas propiamente en el distrito de San Juan se encuentran los siguientes centros educativos: Al distrito lo atraviesan las siguientes rutas nacionales de carretera: El Tren Interurbano administrado por el Instituto Costarricense de Ferrocarriles, no atraviesa este distrito.
También está llamado a canalizar las necesidades y los intereses del distrito, por medio de la presentación de proyectos específicos ante el Concejo Municipal.