La colonización destructora de la región comenzó en 1786, cuando se otorgó permiso oficial para realizar la fundación del nuevo municipio.

En efecto se han hallado enterradas muchas piezas de construcción y elementos variados que parecen confirmar esta hipótesis, pero aún falta evidencia para asegurarlo.

La violencia bipartidista que causó muerte, dolor, rezago económico y destrucción del tejido social en todo el país, también dejó en San Carlos su marca.

Posteriormente la población se vio nuevamente afectada por la instalación autoritaria de un complejo hidroeléctrico que ocasionó lo que algunos historiadores locales han interpretado como el primer desplazamiento, entiéndase del momento económico inaugurado por estos mismos megaproyectos.

Uno de los movimientos sociales que surgieron en este periodo, no solo en San Carlos sino en el oriente antioqueño fue el movimiento cívico, que es hoy en día reconocido como una de las víctimas colectivas del conflicto armado colombiano.

Actualmente la población ha retornado lentamente y según el último censo oficial, no se ha recuperado ni la mitad del número previo y su tejido social no se recupera.

[3]​ Hoy, San Carlos crece turísticamente, pues cada vez es más la gente que lo visita, esto genera inquietudes entre las personas, que se preguntan si el turismo será el nuevo megaproyecto que traiga otra ola de.conflictos Posee 6 ríos: Nare, Samaná del norte, Guatapé, San Carlos, Calderas y San Miguel; además de 7 cuencas de las que se desprenden 76 quebradas repartidas en sus 78 veredas, entre ellas La Chorrera, La Mirandita, Dosquebradas, El Capotal, Las Flores, Las Palmas, Cañaveral, Guadualito, El Tabor, El Chocó y El Contento.