En la temporada 2007-08 volvió a quedar primero en la Tercera División tras vencer a la Unión Deportiva Fraga por 3-0, precisamente el día que se cumplían cincuenta años del logro del primer título ganado en Jaca con el mismo resultado.
La temporada 2013–14 finalizó con la tercera posición en Tercera División, clasificándose una vez más para la Fase de Ascenso, enfrentándose en la primera eliminatoria al Atlético Malagueño, filial del Málaga Club de Fútbol.
En su debut en Segunda División B, la Sociedad Deportiva Ejea quedó encuadrada en el Grupo III junto a históricos equipos como Hércules C. F., C. E. Sabadell, C. D. Castellón, Lleida Esportiu, F. C. Barcelona "B" o Atlético Baleares, logrando la permanencia al finalizar en decimocuarta posición.
La Sociedad Deportiva Ejea se encontraba en ese momento en la decimoquinta posición en la tabla clasificatoria.
La Sociedad Deportiva Ejea arrancó la temporada 2021-22 compitiendo en la recién creada Segunda División RFEF.
No obstante, tras una temporada donde solo se ganaron cuatro partidos en la competición liguera, el equipo acaba descendiendo después de cuatro años entre Segunda División B y Segunda División RFEF.
Al finalizar la temporada, y tras veintiséis jornadas liderando la clasificación, la Sociedad Deportiva Ejea queda campeona de liga de Tercera Federación, logrando el ascenso directo a Segunda Federación.