El club fue fundado en 1975 como Sociedad Deportiva Peña Independiente y en 2010 tomó la denominación actual,[4] desde sus inicios participó en la categoría regional de Ibiza y Formentera hasta el año 2014,[4] cuando dejó de participar en la división para enfocarse únicamente en las escuadras de fútbol base.
En 2019 el equipo senior del club volvió a tomar parte de la competición oficial regresando a la Regional Preferente de Ibiza-Formentera, última categoría del fútbol español en las Islas Baleares.
[5] En la temporada 2021-2022 el equipo finalizó como segundo lugar de la categoría, por lo que accedió a la promoción de ascenso a Tercera Federación, tras eliminar a la Unión Deportiva Mahón y al Club Deportivo Alayor la Peña Independiente llegó a la final de la promoción ante el equipo "B" de la Sociedad Cultural y Recreativa Peña Deportiva.
Al finalizar la fase regular de la campaña la Penya se colocó en la tercera posición del grupo balear, por lo que accedió a la promoción de ascenso a Segunda Federación.
En la fase autonómica el equipo de San Miguel eliminó a la Unión Deportiva Poblense y posteriormente al Club Deportivo Santañí para clasificarse a la etapa nacional de la eliminatoria.