Entre 1941 y 1944, el Sóviet Supremo estuvo en el exilio, a causa de la Gran Guerra Patria.
Los miembros del Sóviet Supremo que permanecieron en la RSS de Estonia fueron ejecutados.
Las sesiones del Sóviet Supremo duraban solo varios días dos veces al año y las decisiones se tomaban por unanimidad y sin mucha discusión.
Las elecciones del Sóviet Supremo fueron irregulares hasta 1975 y se celebraron cada cinco años después de 1975.
El presídium era el organismo permanente del Sóviet Supremo.