En el año 2008, San Miguel casi pierde la vida en un ataque ejecutado en su contra por individuos armados, hecho que nunca se investigó y que ocurrió tras casi un mes de incidencia pública por parte de San Miguel contra una Ley inconstitucional que regulaba el sistema nacional de inteligencia y contrainteligencia, pero que propiciaba violaciones a los DD.HH.
En el año 2011, las redes sociales y correos electrónicos de Rocío San Miguel fueron hackeados y ella fue nuevamente amenazada de muerte junto a su hija; hechos denunciados que tampoco fueron investigados.
En su trayectoria al frente de Control Ciudadano, organización no gubernamental que fundó en el año 2005, ha ejercido contraloría ciudadana sobre compra de armas por parte del Estado, leyes, decretos y reglamentos vinculados a la seguridad, la defensa y la FANB, emitiendo alertas y comunicados sobre estos temas cuando afectan los DD.HH., luchando siempre por la transparencia, la libertad de expresión y el acceso a la información.
San Miguel también ha sido atacada repetidamente por Diosdado Cabello en su programa de televisión Con el Mazo Dando.
[8][9][10]Después de estar diez días incomunicada y sin que se conociera su paradero, su hija pudo visitarla en El Helicoide.
[8] Para julio de 2014 San Miguel cumplió cinco meses detenida en El Helicoide, la ONG Justicia, Encuentro y Perdón, dedicada a la defensa de los derechos humanos, denunció de injusta prisión y sin garantías al debido proceso el caso por supuestos delitos relacionados con terrorismo.