Tras destacar en el Campeonato Uruguayo de Fútbol 2007/2008, concretamente en el Torneo Clausura 2008, en el que su equipo llegó a la final contra el Club Atlético Peñarol, Flores llamó a atención del Villarreal C. F. de España.
[2] El Villarreal C. F. y el River Plate cerraron un acuerdo en el que el jugador era traspasado al club español por 2,1 millones de euros, aunque su club de procedencia se reservó un 20% de la ficha para un hipotético futuro traspaso.
Aunque me gusta marcar goles, doy más asistencias" y la prensa uruguaya lo ha comparado con Enzo Francescoli.
El acuerdo era para una temporada y se facilitó tras el acuerdo de colaboración firmado entre el Villarreal C. F. y el River Plate en junio de 2008.
A raíz de su buen estado de forma, en mayo de 2008 fue convocado por el seleccionador uruguayo Óscar Washington Tabárez para los partidos amistosos que su selección debía disputar en Europa frente a Turquía y Noruega.