Además, durante la Guerra de los Mil días, el dictador venezolano Cipriano Castro había restringido la navegación por el río Arauca, lo que había dañado severamente la economía de la región.

[2]​ Sin embargo, la creación de la comisaría solo trajo conflictos entre la población local (mayoritariamente liberal) y los funcionarios enviados por el gobierno conservador, caracterizados por su ineptitud y corrupción.

[1]​ En la madrugada del 30 de diciembre, Gómez y treinta y siete hombres cruzaron el río Arauca desde Venezuela, reduciendo a la guarnición que protegía la ciudad.

Trece militares colombianos perecieron en el combate, entre ellos el comisario de Arauca, general Esteban Escallón.

[1]​ El affaire Arauca, como fue conocido entonces, fue usado por la prensa del Partido Liberal para criticar la inoperancia de los conservadores para preservar la unidad nacional y su complicidad en las atrocidades cometidas por los militares durante la retoma a la comisaría.