Lo cierto es que él mismo se ocupó de desmentir la versión: «De chico me dicen Mostaza porque iba a todos lados con mi viejo y a él le decían Pancho».[4][5] Desde su retiro se desempeña como director técnico de River Plate y Racing Club, entre otros.En su primera etapa en River Plate obtuvo el segundo puesto en la primera ronda del torneo 1989/1990, tras lo cual renunció al ser electo como presidente del club Alfredo Davicce.En Estudiantes logró realizar una buena campaña que permitió la clasificación a la Copa Libertadores.En su segunda etapa en River Plate el equipo tuvo una mala actuación y Reinaldo Merlo mantuvo una tensa relación con los futbolistas, en especial con Marcelo Gallardo, tras lo cual decidió renunciar a comienzos de 2006.Cuando Marcelo Gallardo se le opuso, él dijo que "en Racing jamás hubiese sucedido algo semejante, ya que los ídolos están un escalón por debajo de la fantástica hinchada".Dejó a Rosario Central después de dirigir 5 partidos, ganando 3, empatando 1, y perdiendo 1.Merlo realizó una gran campaña y dejó al rojinegro en la Primera B Nacional.
