Formó una recordada dupla en el mediocampo junto a Iván Moreno y Fabianesi, la cual le dio bastante rédito al club rosarino.

Con los xeneizes, Ezequiel fue campeón de la Copa Libertadores 2003, competición en la cual llegó a anotarle un gol al Independiente Medellín en la victoria 2 a 0 en el Estadio La Bombonera, por la primera fase.

El técnico quien lo había hecho debutar en primera, Miguel Ángel Russo, lo pidió para el equipo que estaba armando, y Ezequiel decidió aceptar la propuesta de Central.

Formó un ofensivo mediocampo junto a Gustavo Barros Schelotto, Mariano Herrón y Pablo Sánchez.

El técnico Edgardo Bauza solicitó sus servicios para reemplazar al uruguayo Juan Manuel Salgueiro, que partió del equipo albo hacia San Lorenzo, tras no llegar a un acuerdo con los dueños de su pase: Estudiantes de La Plata.