O'Doherty puede haber esperado negociar un acuerdo con el gobierno, pero después de su muerte en una escaramuza en Kilmacrennan, la rebelión se derrumbó y los últimos supervivientes fueron asediados en la isla Tory.

Los gaélicos O'Dohertys habían aceptado tradicionalmente la supremacía del clan O'Donnell, pero tenían ambiciones de convertirse en propietarios libres bajo la Corona inglesa.

En este momento, el compasivo Docwra había sido reemplazado por Sir George Paulet, que tenía una visión mucho más dura de los señores gaélicos, incluidos los leales como O'Doherty.

O'Doherty no había sufrido tanto como otros, perdiendo solo la isla de Inch.

[5]​ O'Doherty viajó a Dublín para defender su caso ante el lord teniente de Irlanda, Arthur Chichester.

En cambio, Chichester ordenó que O'Doherty estableciera una fianza de más de 1000 libras, su devolución condicionada a su comportamiento futuro, y le prohibió abandonar Irlanda, prohibiéndole ir personalmente a Londres para presionar al rey Jacobo.

También persiguió sus vínculos en la corte, a través de contactos como el bien conectado Sir Randal MacDonnell.

O'Doherty ahora comenzó a sospechar que no podía esperar un trato justo de la justicia inglesa, y la fuerza armada era su única salida.

[9]​ Entonces, O'Doherty se rebeló, eligiendo «jugar a ser el enemigo» que las autoridades «no admitirían como un amigo».

[10]​ La noche antes del alzamiento, O'Doherty cenó con su amigo, el capitán Henry Hart, el comandante de Culmore Fort, un arsenal cercano a Derry.

Phelim MacDavitt se encontró con más resistencia en el fuerte superior, pero lo superó por la fuerza de los números.

[14]​ Los militares ingleses en Irlanda tenían pocas tropas disponibles listas para responder al estallido de violencia, pero Chichester reunió a los habitantes masculinos de Dublín y los condados vecinos y envió las fuerzas que pudo hacia el norte inmediatamente.

Sir Henry Og O'Neill, un líder gaélico leal a la Corona, fue asesinado y su pueblo de Kinard fue quemado.

[16]​ Mientras tanto, Chichester despachó 700 tropas bajo Richard Wingfield, animándolas a lanzar una campaña «fuerte y corta» en el Úlster.

El prisionero más apreciado fue Phelim MacDavitt, que fue herido en un bosque y obligado a rendirse.

[20]​ La velocidad con la que Chichester había respondido a la rebelión ahora le traía elogios desde Londres.

Un grupo dirigido por Shane MacManus O'Donnell se retiró a la isla Tory, en la costa de Donegal, y ocupó un castillo.

El historiador Padraig Lenihan afirmó que «fue un epílogo apropiado para la desunión y la duplicidad de la Irlanda gaélica».

Las actitudes del gobierno inglés hacia los irlandeses se endurecieron significativamente a raíz de la rebelión, habiendo otras que se aplastaron rápidamente, pero atemorizaron gravemente a las autoridades gubernamentales que ahora tenían una razón para cambiar de opinión sobre cómo ejecutar las plantaciones planificadas en el Úlster.