Luego se perdió los siguientes partidos por una apendicitis pero volvió a ser titular frente a Defensores de Belgrano ganado 1-0 por la Copa Argentina 2011-12.
Ya en Primera División pasó a jugar como lateral izquierdo pero considerándose como un defensor central más, en esta posición tuvo buenas actuaciones lo que lo llevaron a triunfos contra Estudiantes de La Plata, Tigre, Arsenal de Sarandí y Godoy Cruz, luego en el Superclásico del fútbol argentino frente a Boca Juniors se lesionó de la rodilla tras un centro de su compañero Leonardo Ponzio al tropezar con el arquero rival Agustín Orión por lo cual tuvo que ser reemplazado por Leandro González Pirez.
Días después lo operaron con lo cual estuvo entre 4 y 6 meses fuera de las canchas.
Días después, el 10 de diciembre se coronó campeón de la Copa Sudamericana tras elimimar a Club Atlético Boca Juniors en semifinales y vencer a Atlético Nacional en la final.
En julio de 2018 Funes Mori llega al «submarino amarillo» donde logra disputar 74 partidos oficiales con la institución marcando 3 goles.
Sin embargo, tras la destitución del entrenador meses después por los malos resultados y al asumir Jorge Sampaoli en 2017, el jugador quedó fuera de las convocatorias y no fue incluido en la lista definitiva que disputó dicho Mundial.
Desde 2019 y hasta la fecha tampoco fue convocado ni tenido en cuenta [cita requerida] por el actual entrenador Lionel Scaloni desde su asunción.
Diario Clarín (23 de noviembre de 2014)«Racing le ganó a River el partido más esperado y se sube a la punta del campeonato.».