La marquesa de Alcañices residía en un palacio en Toro, adonde se desplazó Rafaela hacia 1560.
Por su parte Rafaela fue despachada a Madrid por la marquesa viuda, saliendo de su palacio hacia 1563.
En este ambiente conoció a Rodrigo de Mendoza, con quien tuvo amoríos que no acabaron en matrimonio.
Previamente se habían cumplido los preceptos del Concilio de Trento sobre matrimonios que habían sido favorables a la pareja, al no reconocer como impedimento del matrimonio la desigualdad social entre los contrayentes.
Posteriormente el matrimonio pasaría a vivir en Alcalá de Henares, donde Íñigo desarrolló una carrera como catedrático en su universidad.
En 1592 su marido fue nombrado por Felipe II como parte de la legación destinada a defender la sucesión al trono francés de la infanta Isabel Clara Eugenia ante los Estados Generales.