[1]​ El arquitecto Juan Bautista de Toledo pidió en su testamento ser enterrado en el coro del convento, que albergaba asimismo las sepulturas de otros personajes notables.

Finalmente, en 1876 un nuevo incendio destruyó completamente el templo, que fue derribado.

La fachada principal presenta un arco apuntado, coronado por un frontón triangular en el que remata una cruz.

También destacaba la portada de la fachada principal, realizada en granito por José Jiménez Donoso, y formada por dos columnas jónicas exentas y un bajo relieve realizado por Pablo González Velázquez que representaba la invención de la Santa Cruz.

A lo largo de su historia sufrió dos importantes incendios, uno en 1620, que arrasó la sacristía y, otro en 1763, que afectó a toda la iglesia y obligó a realizar una profunda restauración concluida en 1767 que perduró hasta su definitiva demolición en los años de la revolución de 1868.

Del antiguo complejo, tan sólo se conserva la conocida como capilla de los Ajusticiados, que actualmente aloja un restaurante.