Ante la iglesia original se construyó en el siglo XVIII un atrio con un segundo piso destinado a hospedería, dependencias de la hermandad y casa del santero.En el año 1955 se acometió una importante reforma del templo (patio, espadaña, verjas, capillas laterales...) que fueron sufragadas por el torero Miguel Báez Espuny "El Litri" y el Gobierno Civil bajo la dirección del arquitecto Juan Miguel Rodríguez Cordero.Ya en 2007 el pintor José María Franco agregó unas pinturas a la capilla mayor con motivos marianos y marineros como sustitución de las anteriores, obras del mismo autor, seriamente dañadas e irrecuperables[4] Tanto la hermandad como las imágenes aparecen relacionadas con la llegada en el siglo XV a Huelva de Cristóbal Colón tras su primera partida hacia América.[5] Cada año en esta fecha se celebra una misa conmemorativa, ofrecida por la Real Sociedad Colombina Onubense.Un día, cuando iba camino de Gibraleón, sufrió un fuerte dolor en el costado que le obligó a detenerse.Al invocar a la Virgen de la Natividad, apareció una cinta que se ciñó, calmándose sus dolores.Al llegar a casa relató la historia y un amigo suyo pintor, llamado Pedro Pablo, se brindó a pintar una imagen de la Virgen en acción de gracias por el milagro.Aparece sentada, sosteniendo al Niño Jesús con su mano derecha mientras que con la izquierda muestra una granada abierta.El Divino Infante aparece desnudo y con unos zapatos dorados, mientras que sostiene en su mano derecha la cinta propia de la advocación.Sobre ellos hay un juego de cuatro vidrieras que narran la leyenda del moro.A la iglesia se accede por el Patio Claustral Obispo González Moralejo, construido en el año 1901.En paralelo al muro de la epístola se extienden los Jardines Obispo García Lahiguera.
