La localidad está situada a una altitud de 863 m sobre el nivel del mar.

En 893 al-Fath ben Musa ben Dhi-l-Nun, de los Banu Di-l-Nun, al comprobar que no podía mantenerse durante más tiempo en Toledo, convierte a Uqlīsh en su residencia y capital del reino colindante.

Hacia el año 896, al-Fath construyó, de nueva planta una alcazaba mora.

En torno a ese año debió fortificar la ciudad que era independiente del califato de Córdoba.

La ciudad tenía mercado y baños árabes, así como una mezquita con 23 metros de ancho.

En 984 vuelve a la familia de los Banu Zennun con Abd al-Rahmán ben Dhi-l-Nun (984-1018).

En 1091 según la leyenda, Alfonso VI la adquiere como dote, al amancebarse con la princesa Zaida (nuera del rey Almutámid de Sevilla) sexta de sus esposas y que le dio un hijo varón, el príncipe Sancho Alfónsez.

La pretendida dote no fue tal, sino el pago por adelantado que al-Mutámid de Sevilla envía al Alfonso VI para que custodie a su familia y le envíe socorros para defenderle del almorávide Yúsuf ibn Tašufín, que pretendía expulsarle del trono de Sevilla al igual que ya había hecho en Córdoba con su hijo Fath al-Mamún, el marido de Zaida.

En su honor, hoy día, se celebran (en Garcimuñoz, Santa María del Campo Rus y Uclés) las jornadas denominadas «Triángulo manriqueño».

En 1548 ya está construido el actual refectorio sobre las ruinas del antiguo cenobio.

En 1873, tras ser proclamada la Primera República Española, las órdenes militares religiosas fueron suprimidas en España y el papa agregó los territorios del priorato de Uclés a las diócesis vecinas por la bula Quo gravius.

Durante las dos primeras décadas del siglo XX, el monasterio se utilizó como colegio e internado de segunda enseñanza y más tarde pasó a noviciado y colegio de agustinos.

De la antigua fortaleza musulmana actualmente sólo quedan las tres torres y las murallas.

Para su construcción se utilizó piedra de Cabeza del Griego (Segóbriga), sobre todo en la fachada oriental.

Durante la guerra civil española fue hospital republicano y después convertido en cárcel, donde recientemente se exhumaron las fosas que contenían a más de 300 personas.

A poca distancia de Uclés se localizó, en el siglo XIX, un ara votiva dedicada al dios Airón, «Deo Aironi», según Fita.

Apareció a un «cuarto de legua» hacia el este de Uclés (Cuenca), junto al nacimiento del río Bedija, en el lugar que llaman Fuente Redonda.

El ara votiva hallada junto a Fuente Redonda es el único testimonio epigráfico del que disponemos sobre el dios Airón, dios de la vida y de la muerte cuyo culto estaba muy extendido en toda la celtiberia, pues todavía se hallan en España 100 topónimos relacionados con Airón.