Estudió en el Instituto Nacional, donde fue estudiante de Andrés Bello.
Cursó Humanidades en el Instituto Nacional y Leyes en la Universidad de Chile, titulándose como Licenciado en Leyes en 1855, con una memoria sobre "La facultad de testar y el artículo 1354 del Proyecto del Código Civil".
Fue electo diputado propietario por Rancagua durante el período 1870-1873; integró la Comisión Permanente de Negocios Eclesiásticos.
[1][2] En su calidad de teólogo, filósofo y jurista; publicó varias obras en sus temas.
Por la época, Rafael Fernández Concha se vio en la necesidad de que sus escritos tuvieran una naturaleza más bien divulgativa y pragmática (proponiendo una doctrina jurista), frente al escenario positivista y liberal que la filosofía en Chile vivía en la época.
Respecto de la verdades ideales, contrarió a Immnauel Kant, argumentado que la condición de verdad de estas ideas no podría ser afirmativa al no estar estas presentes estrictamente en el realidad, en tanto que el conocimiento no puede existir sin el objeto (material) al que se aplica.
Toda adscripción a un determinado orden moral no podría darse si no fuera porque existe una entidad superior que permita discriminar entre el bien y el mal.