Luego recibe por la derecha y llegando del sur, en Los Encuentros, al río Nangaritza.
Continúa hacia el noreste alcanzado Pincho, Quimi y Gualaquiza.
Sigue ahora por la provincia de Morona Santiago, un tramo bastante montañoso que finaliza al confluir con el río Namangoza, que le aborda por la izquierda procedente del norte, dando origen así al río Santiago, que continuará su discurrir por territorio peruano hasta desaguar en el Marañón.
En la provincia de Zamora Chinchipe el río forma la cuenca hidrográfica principal, la más larga y extensa, a lo largo de la cual se han asentado las principales poblaciones que vierten en él sus aguas residuales.
Los principales afluentes que pertenecen a la cuenca hidrográfica del río Zamora son los siguientes: El río Zamora es emblemático para la ciudad de Loja; sea porque varios poetas han escrito sobre él, sea porque la canción del maestro Emiliano Ortega (letra) y de Cristóbal Ojeda Dávila (música) "Alma Lojana" es una de las más populares entre los habitantes de esta ciudad.