El nombre del río ha venido siendo objeto de las más diversas interpretaciones, tratándose para algunos investigadores del hidrónimo tam- (del irlandés antiguo tám, traducible al español como «derretimiento»),[1] presente en el de otros cursos fluviales como el Tambre, el Támoga, el Tamurejo… Lo que sí parece claro es su estrecha relación con el vecino taller monetario de Tamusia y que ni el Tamuja ni el cercano arroyo del Tamujoso tienen nada que ver con la planta conocida como tamujo.
[2] La raíz Tam, puede proceder del substrato lingüístico celta, con significados como suave, lento, calma.
Abundan en su entorno especies nativas como la colmilleja y la pardilla, que, sobre todo en primavera, pueblan extensas áreas.
Principalmente en los cursos medio y bajo, la biodiversidad aumenta: barbos, carpas, bogas del Tajo, bordallos, calandinos; así como especies alóctonas muy perjudiciales, siendo cada vez más habituales en los últimos tramos del río el black bass, la gambusia, la perca sol, el pez gato o el siluro.
Acoge asimismo algunos depredadores como las culebras de agua, la nutria, el turón; así como visitantes esporádicos como garzas o cigüeñas, entre otros.