[1][2] El río nace a 3085 m s. n. m. (metros sobre el nivel del mar) al juntarse las aguas de los ríos Paria y Auqui,[3] y luego atraviesa la ciudad de Huaraz hasta entregar sus aguas al río Santa.
Se alimenta de las microcuencas Paria, Shallap y Quilcayhuanca.
[5] El nombre Quillcay tiene su origen en la palabra qillqay del quechua de Huaylas que significa 'escribir'.
Quilcayhuanca en quechua ancashino deriva de las palabras qillqay = escribir[6] y wanka = piedra alargada vertical.
[7] Según el arqueólogo peruano Kauffmann Doig, el vocablo qillqay en quechua suele utilizarse en topónimos asociados a sitios con pinturas rupestres.