Su clima es subhúmedo-húmedo, mesotermal, con acumulados de precipitación media anual que rondan los 800 mm, si bien se presentan frecuentes oscilaciones climáticas.A escasa profundidad se encuentran horizontes calcáreos, aflorantes en las barrancas del río.Entre las localidades de su cuenca se encuentran Laprida, Coronel Pringles, Oriente, Indio Rico, y otras menores.En cambio, las aguas del río Quequén Salado presentan niveles de salinidad sólo tolerados por la cebada y algunas pasturas.No obstante, tampoco es recomendable utilizarlas con estos menesteres en razón de su elevada sodisidad.[11] La cuenca superior experimenta frecuentes anegamientos causados por la insuficiente pendiente y los desbordes en sectores poco profundizados del cauce en eventos de lluvias torrenciales.En los 22 km que comprenden desde la laguna Los Tres Reyes hasta el paraje La Sortija el río Quequén Salado se encuentra canalizado.Más adelante en la misma ribera descarga el arroyo Manantiales, de curso temporario o intermitente.En esa zona recibe al único aportante desde su margen izquierda, un arroyo sin nombre.Aguas debajo de la boca del arroyo Indio Rico, vuelca en el Quequén Salado por su ribera izquierda un pequeño curso transitorio.En los últimos 4 kilómetros el río atraviesa la franja medanosa litoral, en una zona con hoyadas de deflación y lagunas intermedanosas.[17] Durante el Pleistoceno tardío la caracterización ambiental de la zona del río Quequén Salado presentaba características áridas o semiáridas y temperaturas medias inferiores a las actuales, por lo que su fauna era similar a la que hoy se encuentra en la Patagonia norte y en la región central del país.También se práctica tirolesa empleando los pilares del antiguo puente ferroviario a la altura de Oriente.