Los funcionarios de alto nivel admitieron su culpabilidad, generalmente bajo tortura, y luego testificaron contra otros.
El NKVD pronto centró su atención en ellos y comenzó a investigar una presunta conspiración antisoviética de espías alemanes en el ejército, centrada en la Fuerza Aérea y vinculada a las conspiraciones de 1937-1938.
Durante los primeros meses de la guerra, varios comandantes, incluido el general Dmitry Pavlov, fueron convertidos en chivos expiatorios por los fracasos.
El derecho a emitir sentencias de muerte extrajudiciales fue otorgado al Consejo Especial del NKVD.
El 29 de enero de 1942, cuarenta y seis personas, incluidos 17 generales, entre ellos los tenientes generales Pyotr Pumpur, Pavel Alekseyev, Konstantin Gusev, Yevgeny Ptukhin, Nikolai Trubetskoy, Pyotr Klyonov, Ivan Selivanov, el mayor general Ernst Schacht y el comisario del pueblo de Municiones Ivan Sergeyev, fueron sentenciados a muerte por el Consejo Especial.