Ante el gran movimiento que la ciudad petrolera había alcanzado, se hizo evidente la necesidad de un puerto más grande y moderno.
Para completar la obra se debió importar desde Alemania el cemento que llegaba en barriles de madera.
Una vez confeccionados los bolsones se transportaban en vagonetas, sobre las vías que en el futuro fueron la prolongación del ferrocarril hasta al muelle, esto permitió un trasporte ágil y rápido desde el barco hasta los Depósitos de Y.P.F.
El puerto contó con una línea especial que buscaba escombros y tierra de relleno en una cantera a Punta Piedras; años más tarde se denominaría ramal a Punta Piedras.
Debido a que no existía suelo firme, se recurrió a realizar sacos de arpillera que se llenaron de hormigón y fueron depositados en el fondo del mar hasta llegar al nivel adecuado.
[3] El avance de la obra produjo que la actividad ferroviaria y portuaria se mudaran a este punto.
[6] En 1959 durante la visita del entonces presidente Frondizi, el puerto estuvo a punto de terminarse; cuando el presidente dio a elegir entre las 2 grandes necesidades de Comodoro: la finalización del puerto o el acueducto.
Sin embargo, el intendente municipal se terminó decantando por el acueducto que desde 1966 conectó la ciudad con el lago Musters desde entonces[9].
En 1992, el Gobierno argentino transfirió el puerto a la órbita de la provincia del Chubut.
En 2003 el astillero del puerto tuvo en su taller buques y 2 monoboyas en plena fase de reparación.
Durante octubre de 2017, el gobierno nacional llevó adelante obras en el puerto para duplicar su capacidad operativa.
En 2023, el gobierno nacional anunció el dragado del puerto de ultra mar afectado; el cual se halla afectado por sedimentos acumulados e impide que barcos de gran porte no puedan operar en la terminal portuaria.
Además, los trabajos incluirán un muro costero y los sedimentos extraídos en el muelle de ultramar serán depositados en el nuevo recinto.
Gracias a esto, se crearan nuevas hectáreas para aumentar el ejido portuario.
Por otro lado, las autoridades portuarias negocian con el gobierno nacional la posibilidad de aprovechar los sedimentos extraídos del fondo marino para conquistar 9,3 hectáreas al mar en la zona frente al Centro Cultural de la ciudad.
Eso se intensifica en las tormentas y el cambio climático que aumenta el nivel del mar.
[20] El puerto está conformado por 3 muelles, denominados Ultramar, Pesquero y General Mosconi.
Al contar con un cobertor de capacidad para dos naves paralelas de 70 m por 40 m, permite que se puedan realizar reparaciones y construcciones navales bajo techo sin que sean afectados por los cambios del clima.
Esto permite que el conjunto pueda elevar 3.400 Tn., teniéndose como límite buques de hasta 2.300 Tn.