Entrando el siglo XIX, en 1806 preside la Junta Real de Hospicios y ese mismo año es nombrado como administrador de las salinas de Nemocón por el virrey Antonio Amar y Borbón.

[6]​También, ese año es consejero de gobierno junto a José Gregorio Gutiérrez, José María Lozano de Peralta, Felipe de Vergara y Domingo Caicedo.

[8]​tres años después Pablo Morillo entra a Bogotá con el ejército español durante las campañas de la renconquista de la Nueva Granada, dando como resultado la persecución de todos los implicados en la revolución.

La familia Groot fue perseguida, Primo y su hermano Pedro Groot fueron aprisionados por un tiempo, siendo liberado en 1817 tras pagar una multa por su vida que lo terminó dejando en la ruina.

[6]​[9]​ Estaba casado con Joaquína Urquinaona y Pardo, pasó sus últimos días en su Hacienda en Susatá donde murió en 1819 mientras se libraba la reconquista de la Nueva Granada sin alcanzar a ver la independencia absoluta del territorio que llegaría un año más tarde cuando se conforma la Gran Colombia.