El primer presidente fue Sam Nujoma (1990-2004) que mantuvo una activa política internacional, involucrándose en la primera guerra del Congo (1996-1997), e interna con una reforma agraria que afectó a la propiedad de la tierra por parte de la minoría blanca.
Finalmente, la constitución no permitía un cuarto mandato por lo que el presidente cedió el testigo al nuevo candidato del SWAPO, Hifikepunye Pohamba, que se impuso con claridad en las elecciones generales de 2004[3] y posteriormente en las elecciones generales de 2009.
Cualquier partido político registrado tendrá derecho a nominar un candidato, y cualquier persona apoyada por un número mínimo de votantes registrados que será determinado por la ley del Parlamento también tendrá derecho a ser nominada como candidato.
La elección del presidente se realizará por sufragio directo, universal e igual; y se realizará de conformidad con los principios y procedimientos que determine la ley del Parlamento: sin embargo, ninguna persona será elegida presidente a menos que haya recibido más del cincuenta (50) por ciento de los votos válidos emitidos y si ningún candidato recibió más del cincuenta (50) por ciento de los votos, se realizará una segunda votación en la que participarán los dos (2) candidatos que hayan recibido más votos en la votación anterior y el candidato que haya recibido más votos en la segunda votación será debidamente elegido (artículo 28.2).
En caso de mandato presidencial interino, previsto en los anteriores puntos, este no se considerará como un mandato completo si este presidente interino quisiera presentarse como candidato a la presidencia (artículo 29).
El artículo 31 determina que el presidente de la República no podrá ser demandada en ningún procedimiento civil, salvo cuando dicho procedimiento se refiera a un acto realizado en su carácter oficial de presidente.
Esta cámara decidirá mantenerla o reformarla, debiendo ser aprobada por mayoría de dos tercios de la cámara si no fuera así el presidente pude seguir negándose a aprobarla y, por tanto, la ley caducará (artículo 56).