Como dirigente del SWAPO, Nujoma fue elegido presidente tras unas elecciones supervisadas por la ONU.

Dicha constitución no le permitió presentarse en 2004, por lo que en marzo de 2005 entregó el poder a su sucesor, Hifikepunye Pohamba.

Nujoma inició una reforma agraria ya que gran parte del país está aún en manos de la minoría blanca, e involucró a su país en la guerra internacional en torno a la República Democrática del Congo, llamada por algunos autores Primera Guerra Africana, y que costó la vida a más de 2.000.000 de personas.

Nujoma nació en el norte del país, en Ongandjera, parte de Ovambolandia.

Su madre, Kuku Helvi-Mpingana Kondombombolo, era conocida como "la abuela de la nación".