Próspero María inició sus estudios eclesiásticos en el Seminario Conciliar de México por iniciativa de su tío, licenciándose en Filosofía en 1846 y obteniendo el grado de Doctor en Teología en 1856.

Desde los primeros años de su gobierno, el arzobispo se dedicó a organizar y hacer mejoras al Seminario, elevando el salario de los profesores, otorgando becas a los estudiantes de escasos recursos y contratando a sacerdotes de amplios conocimientos para que dieran las cátedras.

Se dedicó a restaurar conventos, abrir escuelas primarias gratuitas, a la creación de un nuevo seminario en Valle de Bravo y a mejorar el funcionamiento de las parroquias.

En 1895 convocó al V Concilio Provincial Mexicano que se llevó a cabo del 23 de agosto al 1 de noviembre y en 1898 asistió al Concilio Plenario que convocó el Papa León XIII para los obispos latinoamericanos, en la Ciudad del Vaticano.

Está sepultado, por deseo suyo, en la Villa de Guadalupe.